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Welcome to the FiloWiki mini wiki at Scratchpad!

You can use the box below to create new pages for this mini-wiki. Make sure you type [[Category:FiloWiki]] on the page before you save it to make it part of the FiloWiki wiki (preload can be enabled to automate this task, by clicking this link and saving that page. Afterwards, you may need to purge this page, if you still see this message).


¡Bienvenidos a la FiloWiki, la wiki asociada al curso de Filogenias Moleculares de Arturo Becerra y León Martínez!

Esta wiki tiene el objetivo de servir como un sitio asociado al Curso "Filogenias Moleculares" que se imparte en la Facultad de Ciencias de la UNAM. La idea es que sirva como un depósito para mini-titoriales, transparencias de lecciones, listas de trucos, ligas hacia páginas de bases de datos moleculares o páginas de programas para análisis computacionales en evolución molecular, etc. y está especialmente dirigido para los estudiantes del curso que se impartirá en la Facultad de Ciencias apartir de agosto de 2008.


¿Cómo le hago para...?

Un posible protocolo para analizar familias de secuencias ortólogas

Explorar bases de datos con BLAST, PSI-BLAST y PHI-BLAST
¿Que "sabor" de BLAST debo de usar?
¿Cómo puedo saber que secuencias de las que encontré usando BLAST debo de incluir en los subsecuentes pasos de mi estudio?
Cómo encontrar homólogos muy remotos o, un truco para detectar información estructural en bases de datos de secuencias

Se podría decir que existe una jerarquía en la conservación de la información filogenética entre las biomoléculas. Así por ejemplo, las evidencias que nos permiten decir que dos secuencias de DNA están emparentadas (o sea, el grado de conservación de las secuencias) se pierden muy rápidamente si dichas secuencias son regiones intergénicas. A continuación podríamos poner a los intrones, porque la velocidad a la que se acumulan mutaciones en ellos es un poco menor que la de las regiones intergénicas y por lo tanto deberá de pasar más tiempo antes de que se vuelva muy difícil detectar el parecido entre dos secuencias homólogas (ya sean parálogas u ortólogas).

Bueno, ya tengo las secuencias... ¿y ahora?

Ligas hacia software útil

Información sobre el curso, transparencias y otras cosas relacionadas con la clase

Ligas hacia bases de datos bio-moleculares

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